FK Karlskrona bildades 2012 genom en sammanslagning av de två tidigare konkurrerande föreningarna Lyckeby GoIF och Karlskrona AIF. Båda föreningarna var nu beredda att lämna alla motsättningar bakom sig och istället satsa på en ny gemensam målsättning – att skapa en ekonomiskt stark och slagkraftig fotbollsklubb i Karlskrona. Genom sammanslagningen bildades Sveriges 50:e största fotbollsförening med cirka 1500 medlemmar och drygt 800 aktiva ungdomar fördelade på cirka 30 lag. Tillsammans med våra 100 ledare och drygt 50 funktionärer blir FK Karlskrona genom sammanslagningen Karlskronas och Blekinges i särklass största idrottsförening.
Kärnverksamheten i FK Karlskrona är den framgångsrika ungdomsverksamhet, som tidigare kännetecknat både Lyckeby GoIF och Karlskrona AIF. Den övergripande målsättningen är att satsa på både bredd och spets samt ”fotboll för alla”, vilket uppnås genom en verksamhet som sträcker sig från barn-, flick- och pojkfotboll ända upp till herrfotboll och fotboll för personer med funktionsnedsättningar.
Den 31 oktober 2012 hölls ett extra årsmöte och där beslutades om en namnändring av Karlskrona AIF till FK Karlskrona. Detta blev det formella avstampet och födelsedagen för den nya föreningen FK Karlskrona. Från och med säsongen 2013 spelar samtliga lag i nya klubbfärger (orange och svart) och med nytt klubbemblem.
För representationslaget herrar har de främsta framgångarna varit två vinster av Div 2 som gav tre säsonger i Division 1 Södra, samt gruppslutspel i Svenska Cupen där man bl a mötte Malmö FF på hemmaplan våren 2020.
Idag 2024 är det 540 aktiva spelare och 91 ledare. Sedan tillkommer organisationsledare, volontärer och passiva stödmedlemmar. Sammanlagt är det 805 medlemmar i medlemsregistret.